Il n'existe ni définition juridique ni universellement admise, et chacun apporte sa propre définition selon le point de vue qu'il défend.
Le mot secte vient des verbes latins sequi, is, ire (« suivre ») et secare (« couper »). Ces étymologies soulignent deux modes typiques de l'apparition historique des sectes :
- soit elles naissent de l'enseignement d'un dirigeant charismatique rassemblant autour de lui ses adeptes qui le suivent
- soit elles se forment à la suite d'une rupture avec un groupe existant.
Il arrive fréquemment que les deux modes soient liés, un fondateur s'affirmant souvent comme un dissident d'une religion plus ancienne. En ce sens, Jésus ou Bouddha auraient fondé des sectes au sein de leurs traditions respectives.
Le terme est d'ailleurs utilisé de manière non péjorative dans le bouddhisme ou le judaïsme ancien pou désigner les différents courants ou écoles. De même, dans l'Antiquité, le mot secte désigne des écoles philosophiques regroupant des disciples atour d'un maître et cultivant le secret, tels les pythagoriciens. La connotation fortement péjorative du mot apparaît surtout au sein du christianisme pour désigner des groupes hérétiques et dissidents.
Dans le langage courant de l'Européen du XVIIIème ou du XIXème siècle, le terme secte sert principalement à désigner la religion de l'autre, de l'ennemi, de celui qu'on veut discréditer. Pourtant, certains fondateurs de la sociologie moderne vont tenter de sortir le mot de son usage vulgaire pour attribuer au mot secte une toute autre signification.
« Secte » deviendra pour ces savants, par opposition à « Eglise », le modèle de groupes religieux radicaux, critiques de la société, rassemblant des convertis autour d'un dirigeant charismatique et s'opposant aux Eglises officielles qu'ils jugent trop compromises avec le monde.
Mais ce modèle de sociologie de la secte n'est opératoire qu'au sein de la communauté chrétienne traditionnelle. Or, depuis plusieurs décennies, la sécularisation de la société, l'avènement de l'individualisme contemporain, ... conduisent à un éclatement du religieux, les offres de salut se multiplient sur un marché religieux totalement dérégulé, où fleurissent mélanges, innovations, syncrétismes, mais aussi escrocs de la religiosité en tout genre. Sous la pression d'associations de familles, qui dénoncent les abus de certains charlatans ou de groupe qu'ils estiment manipulateurs, la notion de secte, qui n'avait pas perdu de sa connotation péjorative dans les esprits populaires, devient fortement connoté de dangerosité.
Les dérives extrêmes auxquelles sont parvenus récemment certains mouvements n'ont fait que renforcer la connotation péjorative du terme.